La Cofradía de la Misericordia está hermanada con las siguientes cofradías:

• Cofradía de Nuestra Señora de los Dolores. Los Dolores de Beniaján
• Agrupación del Santísimo Cristo de la Misericordia. Cofradía Californios, Cartagena

Al estar hermanadas con la Cofradía del Santísimo de la Misericordia de Murcia, cada cofradía está presente en el desfile procesional de las otras.